> Сейчас принято считать, что на ней изображен Христос. А откуда это стало известно? Об этом сказал сам Боттичели?

Представьте себе, да.

Вот «Мистическое распятие»:



А вот ещё одно распятие, написанное тем же Боттичелли и примерно в то же время:



А вот его же «Распятие с Троицей»:



Где на последних двух хоть намёк на Савонаролу?
Нет его!
Зато есть полное соответствие канону изображения Христа, да вдобавок табличка с, опять же, каноническим INRI.

Или возьмём «Распятие» кисти другого ученика Савонаролы, Фра Бартоломео.



Вновь мы видим канонического Иисуса с каноническим INRI.

> Это я к тому, что на картинах, где по нашему мнению изображен Иисус Христос, художники 16 века вполне могли изображать Савонаролу.

А ещё они могли изображать деда Мороза.
Однако, и то, и другое необходимо доказывать, а не отделываться фирменными «можно предполагать».