Потоп был всемирный. Вода поступала не только в виде дождя, но из трещин в земле ("источники бездны"). Возможно, также, таял лед, скопившийся у полюсов.
И что это за "лодка", размерами 300 на 50 на 30 локтей?

Под Афинеей подразумевается не только Афон, но и вся Греция. Но Афон был культурным центром православия. Пострадать от наводнения мог не только Афон или вовсе не Афон. Главным является то, что Афон находится в Греции, т.е. Афинее.