Под Афинеей подразумевается не только Афон, но и вся Греция. Но Афон на тот момент являлся своеобразным культурным центром православия. Наводнение могло быть не только в Афоне, но и в других частях Афинеи.
А по поводу затоплений на Афоне почитайте, например, здесь: https://1kir1.livejournal.com/25015.html