Составители тоже люди и могут неправильно понимать смысл летописца другой эпохи.
Затопило, вероятно, Афон, может быть и другие территории.
Кроме этого, в летописи говорится "...яко на мори две земли потонуло..." Афины - это город, а Афинея, т.е. Греция - земля.