> Под Афинеей подразумевается Греция и Афон в частности.

Составитель географического указателя к ПСРЛ с Вами не согласен.
И кому верить?

> От наводнения пострадала не вся Греция, а Афон, который и сегодня часто страдает в результате проливных дождей.

Так Вы определитесь, вся или вся.
Да, и что помешало летописцу так прямо и написать «Афон»?